Les décrets du 12 juin 2026, pris en application de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026, modifient sensiblement le régime des arrêts de travail et de leur indemnisation.
Après la réforme des visites de pré reprise et de reprise, le Gouvernement poursuit la rationalisation du dispositif en fixant, pour la première fois, des durées maximales de prescription des arrêts maladie ouvrant droit aux indemnités journalières, ainsi qu’un plafond de durée de versement des indemnités journalières en matière d’accidents du travail et de maladies professionnelles.
Ces nouvelles règles entreront progressivement en vigueur à compter du 1er septembre 2026 et du 1er janvier 2027.
Arrêts maladie : des durées maximales de prescription à compter du 1er septembre 2026
Le décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 met en œuvre l’une des principales innovations de la loi de financement de la sécurité sociale pour 2026.
Un plafonnement inédit de la durée des arrêts prescrits
Désormais, les professionnels de santé (médecins, chirurgiens-dentistes et sages femmes) ne pourront plus prescrire librement la durée des arrêts de travail ouvrant droit aux indemnités journalières.
Le décret fixe les plafonds suivants :
- 31 jours pour une première prescription d’arrêt de travail,
- 62 jours pour une prolongation d’arrêt.
Ces plafonds concernent exclusivement les arrêts de travail pour maladie.
Une possibilité de dérogation demeure
Le texte ne crée toutefois pas un mécanisme rigide.
Le prescripteur pourra dépasser ces durées lorsqu’il estime, au regard de l’état de santé du patient, qu’un arrêt plus long est médicalement justifié.
Cette dérogation devra être motivée sur la prescription et tenir compte, lorsqu’elles existent, des recommandations établies par la Haute Autorité de santé.
Entrée en vigueur
Ces nouvelles règles s’appliqueront aux prescriptions initiales et aux prolongations établies à compter du 1er septembre 2026.
Accidents du travail et maladies professionnelles : une limitation à quatre années d’indemnisation
Le décret n° 2026-501 du 12 juin 2026 réforme également le régime des indemnités journalières servies au titre des accidents du travail et des maladies professionnelles (AT/MP).
Une durée maximale désormais fixée
Jusqu’à présent, les textes ne prévoyaient pas de limite générale à la durée de versement des indemnités journalières.
À compter des sinistres survenus à partir du 1er janvier 2027, ces indemnités ne pourront plus être versées au-delà d’une durée maximale de quatre années.
Le versement cessera donc :
- lors de la guérison,
- lors de la consolidation,
- en cas de décès,
- ou, à défaut, à l’expiration de cette durée maximale de quatre ans.
Une incapacité permanente présumée
Lorsque le délai maximal de quatre années est atteint sans guérison ni consolidation, l’incapacité du salarié sera réputée permanente.
Le régime rejoint ainsi celui déjà applicable à certaines situations d’assurance maladie de longue durée.
Des exceptions sont prévues
Cette limitation ne s’appliquera pas aux périodes de travail aménagé ou à temps partiel thérapeutique prescrites dans le cadre d’un accident du travail ou d’une maladie professionnelle.
Par ailleurs, en cas de rechute, la durée de versement des indemnités journalières ne pourra être inférieure à celle prévue pour les affections de longue durée (ALD), soit actuellement trois années.
Une nouvelle période de quatre ans en cas de reprise durable
Le décret prévoit également un mécanisme de réinitialisation du compteur.
Lorsqu’un salarié reprend effectivement son activité pendant une durée minimale d’un an avant un nouvel arrêt lié au même risque, une nouvelle période maximale de quatre ans pourra courir.
Une réforme aux conséquences importantes pour les entreprises
Si ces nouvelles dispositions concernent principalement les relations entre les assurés et l’Assurance maladie, elles auront également des incidences pratiques pour les employeurs.
Les services des ressources humaines devront notamment intégrer :
- les nouvelles durées maximales de prescription,
- les nouvelles règles de suivi des arrêts longs,
- les conséquences des limitations d’indemnisation dans les situations d’absence prolongée.
Ces évolutions devront également être prises en compte dans les politiques de maintien dans l’emploi, en articulation avec les nouvelles règles relatives aux visites de pré reprise et de reprise.
Notre analyse
La réforme marque une évolution importante du régime des arrêts de travail en poursuivant un double objectif : mieux encadrer la prescription des arrêts maladie et limiter dans le temps certaines situations d’indemnisation de très longue durée.
Si les professionnels de santé conservent une faculté de dérogation lorsque l’état du patient le justifie, le principe devient désormais celui d’un encadrement réglementaire des durées de prescription.
Les employeurs ont donc intérêt à adapter leurs procédures internes de gestion des absences de longue durée, en particulier pour anticiper les conséquences de ces nouvelles règles sur le suivi des salariés, le maintien dans l’emploi et les relations avec les services de prévention et de santé au travail.
